「encode」は「（情報を）符号化する」という意味で、処理の目的などに応じて都合のよい形式にデータを変換することを指します。
たとえば、ファイルを圧縮してデータサイズを小さくしたり、電子メールにアタッチするためにバイナリデータをキャラクタコードに変換したり、 第三者が容易に情報の内容を参照できないように暗号化したりするなどの目的に応じて、 データを適当な形式で符号化することを指してエンコードと呼びます。

エンコードを行なうソフトウェアをエンコーダといいます。
エンコードされたデータを元に戻すことをデコードといいます。